استحصال آب از قنات جهت مصارف  مختلف از شيوه هاي قديمي رايج  و غالب بهره برداري از منابع آب زير زميني منطقه به شمار رفته و در گذشته بيش از 500 رشته قنات در سطح شهرستان جهت آبياري باغات و مزارع و شرب مورد استفاده قرار مي گرفته اما در حال حاضر اين تعداد به دليل رواج شيوه هاي جديد بهره برداري از منابع آب زير زميني به وسيله چاه هاي عميق كه در قسمت جنوبي منطقه  و در حاشيه درياچه اروميه در شهر ها صورت مي گيرد به كمتر از 200 رشته قنات در سطح شهرستان تقليل يافته و سهم شهر خامنه در تعداد قناتين موجود 16 رشته مي باشد لازم به ذكر است از چند صد سال قبل آب شرب خامنه با سبك به خصوصي از يكي از اين قنات ها  لوله كشي شده و اهالي شهر از آب مشروب و پاكيزه كه توسط لوله هاي سفالي  به خانه هاي آنها منتقل مي شده استفاده مي كردند  چاه هاي عميق با 600 حلقه در سطح شهرستان و برداشت شديد آب در بعضي نواحي در خشكيدن قنوات نقش اساسي دارد.